Il DNA Databank of Japan fa parte del consorzio International Nucleotide Sequence Database Collaboration - INSDC), del quale fanno part anche lo EMBL e il GenBank di NCBI. Lo scopo del consorzio è quello di raccogliere sottomissioni multiple da laboratori indipendenti di tutto il mondo e da diversi progetti di ricerca allo scopo di creare un database di sequenze genetiche. Come spiegato nella lezione su RefSeq, le sequenze contenute in GenBank e in DDBJ presentano livelli di validazione diversi e non sempre possono dunque considerarsi sequenze di riferimento vere e proprie. Le sequenze di riferimento sono quelle contenute in RefSeq. La consultazione di DDBJ non è proprio facilissima. Ad esempio, è difficile ottenere sequenze inserendo semplicemente il simbolo del gene. Di solito è necessario sfruttare altre sigle, come ad esempio i codici di GenBank.
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