Quando si parla di RefSeq si sente parlare spesso anche di GenBank. Come RefSeq, GenBank è un database dell'NCBI. Anche GenBank è un database di sequenze genetiche, che non sempre però possono considerarsi vere e proprie sequenze di riferimento. GenBank è parte di un consorzio (lo International Nucleotide Sequence Database Collaboration - INSDC), del quale fanno parte anche lo EMBL e il DDBJ, il cui scopo è quello di raccogliere sottomissioni multiple da laboratori indipendenti di tutto il mondo e da diversi progetti di ricerca. I dati di GenBank sono spesso ridondanti, frammentari e possiedono diversi livelli di accuratezza e validazione.
Le sequenze di RefSeq, invece, che possono essere derivate anche ma non solo da GenBank, sono sequenze validate, che sono state cioè "curate" dal team di RefSeq sulla base di diversi database e con l’ausilio della letteratura allo scopo di produrre delle sequenze “di riferimento” per l’uso quotidiano nella ricerca e, soprattutto, nella diagnostica di routine.
Per saperne di più:
- RefSeq, IL DATATBASE DELLE SEQUENZE DI RIFERIMENTO
- ENSEMBL
- UCSC GENOME BIOINFORMATICS
- DDBJ: DNA DATABANK OF JAPAN
- LRG: LOCUS REFERENCE GENOMICS
Nessun commento:
Posta un commento